Kalkmalerierne i Ballerup kirke er malet af en anonym maler - "Kongsted-maleren" -, som bl.a. er kendt for de fyldige og personlige ansigter, og de smukke og tidssvarende dragter. 
De ældste stammer fra 1250. De kan dateres på grund af de moderigtige dragter. De ses i korbuen og viser Kain og Abels offer. Kain med sit lille korn-neg til højre og Abel med sit gode offerlam til venstre. De står på hver sin side af Gudslammet med kors - og sejrsfane, symbol for sejr over døden. 
Resten af malerierne stammer fra 1430 - 1450. De er formentlig malet af den såkaldte ”Kongsted-maler”.

Alle kalkmalerierne blev for århundreder siden overhvidtet, men blev atter fritlagt i 1885 og har gennemgået restaureringer i 1935, 1968 og 1980.

Væggen over alteret

Til venstre for vinduet ses Gudslammet med kors- og sejrsfane-symbol for Kristus sejr over døden. "Guds blod" løber ned i kalken. 
Til højre ses en ukendt biskop, evt. Sct. Nicolaus, "julemanden". 
Under billederne ses 2 indvielseskors, hvilke der ofte blev anbragt 12 af rundt i kirken, som de 12 apostle, og som blev stænket på, indviet med evigt vand.

Korhvælv

Øst: 
Her ses Kristus som verdensdommer på dommedag, siddende på en regnbue, symbol for himlen, med fødderne hvilende på jordkloden. 
Han siger: Kom min faders velsignede! Gå, forbandede, til ilden! 
Tv. Ses de gode sjæle, der glæder sig til at komme i Himlen. 
Th. Ses de fordømte, der gruer for at komme i Helvede. Ilden ses nede i højre hjørne.

Syd: 
Her ses Sct. Peter med nøglen til Himmeriget og en andagtsbog. Sct. Peter var en af de første apostle, der fulgte Jesus, og Jesus betroede ham nøglen til Gudsriget.

 

 

 

Vest: 
Her ses jomfru Maria med Jesusbarnet i en stråleglans, en solgissel, stående på en halvmåne med en krone af 12 stjerner. Den blå farve på hendes slag er symbol for det evige, himlen. Hendes røde kjole er symbol for det kongelige. Når månen trædes på, er det symbol for kristendommens overvindelse af jødedommen.

 

Nord: 
Gud ses med risæblet i hånden, symbol for verden, siddende over skybånd, som adskiller himmel og jord, omgivet af to engle, med røgelseskar og strengeinstrument.

Under Gud ses Jomfru Maria med blottet bryst, symbol for at hun har næret Jesus sin søn, som et menneske. Hun beder sin søn om nåde for menneskene. 
Over hende ses Jesus, som beder Gud om nåde. Han siger: Se mine sår, Fader, vis nåde for min skyld og Gud svarer: Barn, jeg giver dig de ønsker, du vil, dig vil jeg intet nægte. 
Her har vi et fint eksempel på den "dobbelte forbøn".

Længst til venstre ses den døende, arme synder, som djævlen er ved at hive sjælen ud af.

Midthvælv

Øst: 
Apostlen Sct. Jacob stod Jesus nær og var kendt som pilgrim. Han står her med sin vandringsstav, en andagtsbog og en kammusling, en Ibskal i hatten. Kammuslingen var symbol for, at man havde foretaget en pilgrimsrejse, fundet muslingen ved stranden, f.eks. i Spanien ved Santiago de Compostelle, hvor Sct. Jacob er begravet. Mange blev i middelalderen begravet med en kammusling om halsen, som en amulet eller souvenir. 
Sct. Jacob var i den katolske tid værnehelgen for Ballerup kirke - derfor har han denne vigtige placering foran alteret. 
Sct. Jacob beskyttede i alle livssituationer, men især på livsfarlige rejser. 
Munken på billedet siger: Bed for os, Sct. Jacob, Herrens apostel. 
Sct. Jacob siger: Bed troligt, jeg vil altid hjælpe.

Syd: 
Ærkeenglen Sct. Michael dyster mod dragen med et korsformet spyd og fordriver den fra himlen.

 

 

Vest: 
5 helgener bliver velsignet af en ubestemt pave. Paven er på Guds vegne: 
- Herre på jorden 
- Herre under jorden 
- Herre over jorden 
Disse 3 ting bliver symboliseret i den 3 dobbelte hoved-beklædning: Tiara

 

Nord: 
Maria Magdalene med andagtsbog og salvekrukke til salving af fødder og lig.
Jesus fordrev hendes dæmoner, så hun fra at være synderinde blev en from kvinde, som fulgte Jesus overalt. Hun var også den første person, som Jesus viste sig for i en åbenbarelse efter sin opstandelse. På billedet her er hun skildret som en fornem og from kvinde med glorie, tugtigt hovedklæde og kappe over den fine kjole.

Vesthvælv

Syd: 
Jesus døbes i Jordan floden af Johannes Døberen. Med 3 fingre salver Johannes Jesu hoved og over Johannes hoved lyder ordene: Retfærdiggør mig, Frelser.

 

 

 

Øst: 
Jesu korsfæstelse på Golgata. Til venstre for ham står Jomfru Maria - hans mor- og til højre hans trofaste apostel Johannes. Johannes er skildret ung og smuk og sørgende med hånden under kinden og kiggende nedad. Jomfru Maria ligeledes sørgende med foldede hænder.

Nord: 
Skytshelgenen Sct. Georg også kaldet Hellig Jørgen dræber dragen og redder prinsesse Kleodolinde, som ses tv. i billedet. Hvert år skulle der ofres en jomfru til dragen, og da turen kom til prinsessen, tilbød kongen Sct. Georg, at han skulle få prinsessen, hvis han dræbte dragen, men som den fromme mand Sct. Georg var, afslog han tilbudet, da der var mange andre gode gerninger, han endnu skulle gøre.

Under dette billede ses denne indskrift: 
Givet sammen med hvælvingerne af Hr. Niels Jensen, præst ved denne S. Jacobs Kirke. 
Niels Jensen var præst i Ballerup Kirke i 1440´erne.

Vest: 
Ved udgangen - som det sidste menigheden møder efter gudstjenesten - ses ærkeenglen Sct. Michael med vægten, Guds hjælper ved dommedag lige efter døden. 
Sct. Michael vejer en sjæl op imod 2 små muntre djævle. Når djævle er skildret muntre, tilkendegiver det, at de er ret uskadelige. Sct. Michael snyder lidt på vægten, da han med sin hånd påvirker vægtens balance til sjælens fordel, og viser på den måde Guds barmhjertighed!